Comparaison de deux méthodes d'estimation du broutage des bactéries par les protozoaires en milieux aquatiques [Courte note] Comparison of two methods assessing the grazing of bacteria by protozoa in ecosystems

Résumé

L'objectif du présent travail est de comparer deux méthodes indépendantes permettant d'estimer, dans les milieux aquatiques, le flux de carbone transitant du compartiment bactérien vers les protozoaires. Les deux méthodes utilisées sont, d'une part, celle basée sur le suivi de la décroissance de radioactivité du matériel génétique bactérien après marquage à la thymidine tritiée (SERVAIS et al., 1985) et, d'autre part, celle de mesure du taux d'ingestion de bactéries fluorescentes (FLB) par les protozoaires. Elles ont été appliquées en parallèle sur des échantillons de la rivière Meuse (Belgique). L'emploi de la première méthode a montré des taux de broutage compris entre 0.002 h^-1 et 0.016 h^-1 qui représentent en moyenne 72 % des taux de mortalité totale. Une excellente corrélation entre les estimations de flux de broutage obtenues par les deux techniques a été trouvée, mais les valeurs estimées à partir de la méthode FLB sont systématiquement inférieures (d'environ 30% en moyenne) à celles obtenues par l'autre méthode. Une part de cette différence peut vraisemblablement s'expliquer par la non prise en compte par la méthode FLB du broutage par des organismes de taille supérieure à 100 µm.

Mots-clés:

• Bactéries,
• protozoaires,
• broutage,
• mortalité,
• thymidine

Abstract

The goal of the present work was to compare two methods allowing to estimate, in aquatic ecosystems, the carbon flux due to grazing of bacteria by protozoa. The first method follows the decrease of labeling in the DNA of natural assemblages of bacteria previously labeled with tritiated thymidine (SERVAIS et al., 1985) and the second procedure is based on the estimation of bacterial ingestion rate by protozoa using fluorescently labeled bacteria (FLB). Both methods were applied in parallel on river Meuse (Belgium) samples. Using the first method, grazing rates in the range 0.002 h^-1 to 0.016 h^-1 were observed; they represented in average 72 % of the total bacterial mortality rates. A very good correlation between both estimates of the grazing fluxes was found but the data obtained by the FLB method were systematically lower (around 30% in average) than those estimated with the other method. A part of this difference is probably due to he fact that the FLB method does not take into account grazing by organism higher than 100 µm.

Keywords:

• Bacteria,
• protozoa,
• grazing,
• mortality,
• thymidine