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2009 — Inference of insertion and deletion scenarios for ancestral genome reconstruction and phylogenetic analyses: algorithms and biological applicationsAbstract
Cette thèse traite d'algorithmes pour la reconstruction de génomes ancestraux et l'analyse phylogénétique. Elle étudie particulièrement les scénarios d'insertion et délétion (indels) dans les séquences génomiques, leur utilité (1) pour l'étude des familles d'espèces, (2) pour l'évaluation des alignements multiples de séquences et la reconstruction phylogénétique, (3) et pour l'annotation de séquences génomiques fonctionnelles. Dans cette thèse, le problème de la reconstruction du scénario d'indels est étudié en utilisant le critère de maximum de vraisemblance. Ce problème peut être défini de la manière suivante: étant donné un alignement multiple de séquences orthologues et un arbre phylogénétique traduisant l'histoire évolutive de … Read more
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2011 — The transcriptional analysis of the macrophages' innate immune responses to «Salmonella typhiumurium and Legionella pneumophila» infectionAbstract
Les macrophages représentent la première ligne de défense contre les pathogènes intracellulaires. Ils sont capables d'identifier des structures et protéines spécifiques aux bactéries grâce à des récepteurs membranaires, (Fc, C3b, SR and TLR) et à des molécules cytosoliques capables de reconnaitre des antigènes sur la surface des bactéries. Le contact entre les récepteurs à la surface des deux protagonistes entraine la phagocytose du microbe dans un compartiment spécialisé appelé le phagosome. À la suite d'une série d'évènements de maturation, le phagosome se développe en un phago-lysosome capable de détruire les microbes phagocités grâce à leur environement très acide et la … Read more
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2020 — Radiation therapy outcome prediction using statistical correlations & deep learningAbstract
Le pronostic après le traitement du cancer est une préoccupation constante des médecins, des patients et de leurs proches. Ce n’est qu'une des raisons pour lesquelles la prédiction des résultats est un domaine de recherche si critique. L'ampleur des données générées chaque année dans une clinique de radio-oncologie facilite la création et, éventuellement, la validation de modèles pronostiques prédictifs. En outre, les progrès technologiques induits par l'informatique ont permis l'utilisation de techniques avancées d'apprentissage automatique qui peuvent largement dépasser les performances des techniques précédemment utilisées. La plupart des patients atteints du cancer suivent un flux de travail de radio-oncologie standard, … Read more
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2016 — Modelling lung SBRT treatment outcomes using Bayesian network averagingAbstract
Le cancer du poumon est responsable du plus grand nombre de décès par cancer dans le monde, avec un taux de survie à cinq ans de seulement 15 p. 100. La radiothérapie constitue une méthode valable pour le traitement du cancer du poumon, mais il demeure difficile de prédire les résultats d'un traitement individuel. Cette difficulté émane des interactions complexes entre un nombre de facteurs, dont les biomarqueurs et les mesures de dose. La modélisatio bayésienne fournit un cadre probabiliste qui représente les dépendances entres les différentes variables d'une façon visuellement intuitive. L'objectif de ce rapport est d'intégrer le cadre … Read more
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2023 — The role of inducible T-cell costimulator in antitumor T cell immunityAbstract
« Inducible T-cell costimulator » (ICOS) est un récepteur de co-stimulation exprimé par les cellules T activées qui est essentiel pour leur activation et fonction. L’expression d’ICOS est associée avec l’efficacité des inhibiteurs des points de contrôle immunitaire, et plusieurs études ciblant ICOS sont en train d’être investiguées comme traitement potentiel contre le cancer. Cependant, le rôle d’ICOS dans l’immunité antitumorale n’est pas entièrement compris. Des recherches suggèrent qu’ICOS promeut les réponses antitumorales des cellules T effectrices tout en promouvant les fonctions immunosuppressives des cellules T régulatrices (Treg). Pour élucider ce double rôle d’ICOS dans l’immunité contre le cancer, nous … Read more
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2022 — Chipping in: variation in functional diversity of the North American Beaver (Castor canadensis) during distribution range expansion.Abstract
Suite au réchauffement climatique, de nombreuses espèces déplacent leur répartition vers les pôles, ce qui entraîne l'introduction de nouvelles espèces dans les écosystèmes nordiques. Dans la toundra, les arbustes ligneux sont devenus plus abondants et robustes, les plans d'eau sont passés d'un régime de glace fixe à un régime de glace flottante, et la fonte du pergélisol a modifié la topographie et l'hydrologie, facilitant le développement des étangs. Par conséquent, les populations de castor du Canada (Castor canadensis) ont commencé à s’établir dans l'écosystème de la toundra "verte". En tant que rongeur spécialisé qui modifie les écosystèmes en se nourrissant … Read more
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2021 — Development of an integrated sensor system for automated on-the-spot measurement of physical soil propertiesAbstract
Les caractéristiques physiques du sol sont un indicateur majeur de sa fertilité et jouent un rôle clé dans les décisions de gestion agricole. Les sols compactés peuvent avoir un impact sur la croissance des plantes et affecter la maniabilité du sol pour les opérations de travail du sol. L'agriculture de précision cherche à détecter les zones de sol présentant des caractéristiques similaires et à appliquer des pratiques de gestion spécifiques à ces zones. Alors que les technologies d'agriculture de précision sont de plus en plus adoptées dans le monde, la collecte de données pour piloter ces systèmes de contrôle devient … Read more
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2021 — Induction of myeloid-derived suppressor cells by uveal melanoma cell linesAbstract
Le mélanome uvéal (MU) est la tumeur intraoculaire primaire la plus fréquente chez les adultes, avec un taux de mortalité élevé dû à la dissémination métastatique. Le développement des métastases est facilité par un environnement immunosuppresseur induit par la tumeur. Les cellules suppressives dérivées de myéloïdes (CSDM), une population hétérogène de cellules myéloïdes immatures qui ont un rôle dans les réponses des cellules effecteurs T et qui ont été récemment impliquées dans l'immunotolérance au cancer et l'échec de l'activité anti-tumorale. Les CSDM humaines sont caractérisées en fonction de leurs marqueurs phénotypiques et sous catégorisées en CSDM de stade précoce, granulocytaires … Read more
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2018 — Value-driven methods for product-service systems design with focus on the aviation industryAbstract
En raison de la mutation des exigences du marché et de l'accentuation de la concurrence, l'économie est passée de la production de biens matériels à des offres de produits et de services intégrés. Le but en l'occurrence est une valeur accrue pour le client via la mise à disposition d'une fonction au lieu d'un seul produit physique. Cette tendance a abouti à ce qui est connu dans la littérature comme des « modèles d'économie de la fonctionnalité » [en anglais: product-service systems - PSS] et a généré des recherches conséquentes depuis le tournant du siècle pour mettre au point des … Read more
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2019 — Genetic variations in the human growth hormone receptor gene: functional relevance and associations with short stature and obesityAbstract
L'axe GH/IGF-1 joue un rôle important dans l'acquisition de la taille longitudinale mais aussi dans la régulation du métabolisme lipidique. La GH exerce ses effets par la liaison spécifique à son récepteur, le récepteur a l'hormone de croissance (GHR), sur les cellules cibles et par l'activation de multiples voies de signalisation, aboutissant à des changements au niveau de l'expression et de la fonction des gènes de la cellule. Par exemple, il est bien connu que la protéine GHR dysfonctionnelle entraîne le syndrome de Laron, caractérisé par une petite taille proportionnelle ainsi qu'une augmentation de l'adiposité abdominale.La petite taille idiopathique (ISS), … Read more
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2012 — The photophysics of CdSe/ZnS/CdSe core/barrier/shell nanocrystals: light harvesting, single nanocrystal blinking, and optical gainAbstract
Cette thèse explore les propriétés photophysique du coeur/barrière/coquille des nanocrystaux de CdSe/ZnS/CdSe par une combinaison de spectroscopies à l'état d'équilibre et en temps résolu. Il est intéréssant de noter que ces matériaux présentent de la photoluminescence (PL) provenant du coeur CdSe et de la coquille CdSe qui pourrait être exploitée dans une variété d'applications comme l'émission de lumière blanche et gain optique. Des mesures à l'état d'équilibre ont illustré le couplage entre les deux phases de CdSe. On a démontré que la coquille de CdSe influence les propriétés optique du coeur de CdSe. En effect, la coquille de CdSe fonctionne … Read more
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2012 — Proteomic comparison of «Arabidopsis thaliana» under high and low nitrogen fertilizationAbstract
La fertilisation en azote (N) et la teneur en N des plantes ont un rôle clef dans leur physiologie, régulant leur développement et métabolisme. Tout en gardant un rapport de NO3-N à NH4-N de 3:1, des plants d'Arabidopsis thaliana (L.) Heynh furent cultivés sous deux régimes de fertilisation: bas (6 mg N/L) et élevé (106 mg N/L). Utilisant une technique protéomique en vrac par spectrométrie de masse et une technologie d'identification multidimensionnelle des protéines (MudPIT), nous avons pu caractériser un total de 2134 protéines identifiées de façon récurrente comme apparaissant dans les deux traitements de fertilisation azotée. Une analyse statistique … Read more
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2013 — Molecular and epidemiological studies on human soil-transmitted helminths before and after albendazole treatmentAbstract
Contexte: Les géohelminthes sont des nématodes parasitant le système gastrointestinal de l'Homme. Pour lutter contre les géohelminthiases une des stratégies consiste à déparasiter périodiquement avec l'albendazole (ABZ) et le mébendazole (MBZ). Cependant, l'utilisation répétitive de BZ peut causer une sélection au niveau du gène de la β-tubuline aux codons 167, 198 et 200 et entraîner une résistance. Pour maintenir une stratégie de contrôle efficace, il est indispensable de détecter rapidement la résistance, si présente. Méthode : Dans ce contexte, nous avons développé pour les géohelminthes des tests moléculaires précis pour détecter les changements génétiques de la β-tubuline aux codons 167, … Read more
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2008 — Development of DNA assays for the detection of single nucleotide polymorphism associated with benzimidazole resistance, in human soil-transmitted helminthsAbstract
Les géo-helminthes sont des vers parasitant l'Homme et causant de nombreux handicaps dans les régions tropicales des pays en voie de développement. Des programmes de contrôles tels que le partenariat FRESH : ''Focussing Resources on Effective School Health'' ont été mis en place afin d'éliminer les géo-helminthes en administrant massivement en milieu scolaire des pays en voie de développement des medicaments anthelmintiques. L'albendazole et le mébendazole appartiennent au groupe des benzimidazoles et sont distribués dans les régions grandement infestées. Cependant, cette attribution massive de médicaments, aux enfants, pourrait entraîner une sélection de parasites résistants aux anthelmintiques. La substitution de l'acide … Read more
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2004 — Genetic investigation of Tourette syndrome in the French Canadian populationAbstract
Le syndrome Gilles de la Tourette (SGT) est une affection neuropsychiatrique caractérisée par de multiples tics moteurs ainsi qu’un ou plusieurs tics vocaux. Chez les écoliers de 6 à 17 ans, la fréquence de la maladie est estimée à environ 1%. Elle touche tous les groupes ethniques. La cause du syndrome n’est pas connue, mais des facteurs génétiques jouent très probablement un rôle important, même si aucun gène augmentant les risques d’exprimer le SGT n’a encore été identifié formellement. Seules des études de linkage positives ainsi que des anomalies chromosomiques ont pour l’instant été rapportées. La recherche de variants génétiques … Read more
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2019 — Non-thermal plasma discharges for methane reformingAbstract
Cette thèse présente une étude expérimentale de plasmas non thermiques, appliqués à le reformage du méthane à pression atmosphérique. Le gaz obtenu, contenant de l'hydrogène, est étudié pour son potentiel en tant qu'additif pour carburant afin d'augmenter la réactivité chimique dans les conditions propres à un moteur à turbines à gaz. L'habileté à contrôler la réactivité est proposée comme technologie permettant une plus grande flexibilité dans le choix du carburant tels que des carburants à faible pouvoir calorifique et comme moyen pour opérer dans des conditions à faible émission telles que la combustion dans des mélanges pauvres méthane-air. La partie … Read more
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2009 — Trolox enhances anti-leukemic effects of arsenic trioxide: the role of oxidative stressAbstract
Le trioxyde d’arsenic (As2O3) induit l’apoptose ainsi qu’une différentiation partielle des promyélocytes malins et de cette façon, il est considérablement efficace dans le traitement de la leucémie promyelocytic aigüe (APL). Les premières études sur le trioxyde d’arsenic ont mis en lumière l’importance de la protéine de fusion PML-RAR. Cependant, plusieurs études récentes démontrent que l’acitvité cytotoxiques de l’As2O3 dépend de mécanismes indépendants de PML-RAR. Entres autres, la présence d’As2O3 dans la cellule engendre une accumulation de radicaux libre qui affecte de nombreuses cibles intracellulaires et provoque une variété de changement qui vont mener à l’apoptose. L’équilibre oxydatif intracellulaire à démontré … Read more
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2021 — Aerothermal analysis automation for preliminary axial compressor airfoil geometry generationAbstract
L'analyse et la conception automatisées deviennent de plus en plus une nécessité dans le domaine des turbines à gaz aérodérivatives. Ce travail se concentre sur l'automatisation visant la conception aérodynamique des compresseurs axiaux. Un cadre d'automatisation est développé pour la génération rapide de la géométrie préliminaire du profil aérodynamique du compresseur axial à partir des résultats aérodynamiques à flux traversant spécifiques aux outils et pratiques d'analyse de Siemens Energy. Le cadre gère les conceptions réelles et générales avec autant de rangées de lames que nécessaire et permet un lien simplifié vers les outils d'optimisation numérique. L'automatisation couvre un flux de … Read more
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2012 — Modeling of grain dryers: thin layers to deep bedsAbstract
Afin d'assurer leur conservation, les grains fraîchement récoltés doivent être séchés avant l'entreposage. Autrefois, les grains étaient séchés en petites quantités en faisant circuler de l'air ambiant. De nos jours, les entreprises agricoles doivent sécher des quantités phénoménales de grains dans de très cours laps de temps et ce processus consomme de grandes quantités d'énergie. Dans les pays industrialisés, les combustibles fossiles sont la principale source d'énergie pour le séchage des grains. Malheureusement, c'est un processus polluant et coûteux. L'utilisation de sources d'énergie alternatives comme les biomasses ou l'énergie solaire ne sont que rarement utilisés parce qu'ils ne sont pas … Read more
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2009 — Functional analysis of the Myelin Basic Protein gene regulationAbstract
Au cours de ma recherche j'ai voulu mettre en évidence les combinatoires existantes parmi les séquences régulatrices qui gouvernent l'expression du gène de la Protéine Basique de la Myéline (MBP). Ces connaissances devraient pouvoir me permettre de mieux comprendre les mécanismes régulant la formation, la maintenance et la réparation de la gaine de myéline. Lors de l'étude de la régulation du gène de la MBP, quatre modules non codant extrêmement conservés ont été trouvés en amont du gène de la MBP. Dans des souris transgéniques, ces modules confèrent des propriétés d'expression temporelle et tissu spécifique aux constructions. Les modules M1 … Read more
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2009 — RXTE monitoring of 5 anomalous x-ray pulsarsAbstract
Les pulsars X anormaux (AXPs) sont des étoiles à neutrons qui partagent certaines propriétés spécifiques. Ils sont dits "anormaux'" car leur luminosité est supérieure au taux de perte de leur énergie de rotation. Selon le modèle des "magnétars'', ces pulsars sont des étoiles à neutrons jeunes, isolées, et dont la luminosité provient d'un grand réservoir d'énergie magnétique. Cinq de ces AXPs (1E 2259+586, 4U 0142+61, RXS J170849.0-400910, 1E 1841-045, 1E 1048.1-5937) sont sous observation depuis 1997 dans le cadre d'un programme de surveillance utilisant le Rossi X-ray Timing Explorer (RXTE). Le but de ce programme est d'étudier les propriétés temporelles … Read more
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2021 — Investigation of the copper metallic content in plasma activated water from the electrode in a pin-to-liquid discharge systemAbstract
La discussion des plasmas non-thermiques porte à plusieurs questions ouvertes de nos jours. Ceci est explicable en raison de leur adaptation de plusieurs états. Le fait que l’équilibre du plasma chaud est difficile à atteindre, pose la question : Pourquoi s’en faire lorsque le plasma non-thermique est connue pour être un composant extrêmement réactif? Le transfert de l’énergie cinétique entre les électrons et leurs paires lourdes est inefficace à cause de la grande différence entre leurs masses. Effectivement, l’énergie transféré aux bordures qui confine le volume du plasma est négligeable. Ainsi, le traitement des matériaux sensible à la température, y … Read more
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2020 — Expectation, Contradiction, Surprise: Wi(th-e)Red TreeAbstract
Dans cette pièce de thèse, Wi(th-e)Red Tree, j'ai utilisé le spectre harmonique d'objets sonores variés provenant d'une contrebasse, autant comme matériel sonore que comme modèle structurel pour une synthèse orchestrale (Fineberg, 2000). Par ailleurs, grâce à l'utilisation de processus, je crée une instabilité harmonique ainsi qu'un sens hiérarchique afin de mettre en place des catégories telles que des progressions d'éléments harmoniques à inharmoniques, doux à rugueux, et désordonnés à ordonnés. En explorant ces hiérarchies, je souhaite évoquer l'idée de vecteur du discours musical, qui est l'idée que tous les processus possèdent une trajectoire et impliquent une directionnalité. De plus, la … Read more
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2009 — Evolutionary potential of a large marine vertebrate, the lemon shark («Negaprion brevirostris»)Abstract
Afin de prédire comment les animaux vont réagir aux futurs changements environnementaux, il est important de comprendre les processus évolutionnaires qui dictent la biodiversité de la nature. Par contre, peu ont pu surmonter les contraintes logistiques qui accompagnent de telles études sur le terrain. Les gros vertébrés marins sont particulièrement difficiles en raison de leur nature énigmatique et très ambulatoire. Ceci mène certains chercheurs à croire que l’adaptation locale sera très rare. Cependant, il y a une augmentation de cas ou les organismes marins, avec un haut potentiel de se propager, divergent de façon phénotypique sur des petites échelles spatiales. … Read more
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1952 — Les heroines du théâtre de Maurice Maeterlinck.Abstract
On découvre en Maeterlinck deux hommes: le poète et le naturaliste: le poète avec sa délicatesse et sa sensibilité, et le paysan flamand d`une constitution lourde et carrée. Maurice Maeterlinck naquit en 1862 dans la villa familiale d‘Oostacker, près de Gand. Le paysage belge lui fournit la scène pour Les Sept Princesses: une terre noire de marais, avec des chênes et des saules, des châteaux sombres sur des voûtes, et des canaux sinueux où flottent des cygnes. Le milieu mélancolique de Gand l’inclinait vers le fatalisme de ses premiers ouvrages. Il cherchait toujours la solitude; il aimait beaucoup le silence. … Read more
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2012 — The effect of statins on endothelial cell response to wall shear stress in three dimensional in vitro tissue culture modelsAbstract
L'hypercholestérolémie est un facteur de risque des maladies cardiovasculaires comme l'athérosclérose. L'athérosclérose est une maladie dans laquelle les globules blancs, des lipides (y compris le cholestérol), et d'autres débris cellulaires s'accumulent dans les parois des vaisseaux sanguins ce qui provoque l'inflammation et le rétrécissement des vaisseaux, menant finalement à une crise cardiaque. Les statines, des inhibiteurs de l'enzyme 3-hydroxy-3-méthylglutaryl coenzyme A (HMG-CoA) réductase, ont été conçus pour inhiber la synthèse du cholestérol en empêchant la conversion de l'HMG-CoA en mévalonate dans la voie de biosynthèse du cholestérol. Bien que efficace pour réduire les taux de cholestérol, les statines démontrent d'autres … Read more
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2017 — Quadrotor reorientation control for collision recoveryAbstract
Les petits véhicules aériens sans pilote (UAV) ne sont actuellement pas assez sécuritaires pour voler de façon autonome dans l'espace aérien public. Alors que la recherche sur l'évitement d'obstacles a progressé au cours de la dernière décennie, la question de savoir comment se remettre des collisions imprévues a reçu peu d'attention. Cette thèse traitera la question de la récupération du contrôle de vol pour le cas d'un quadcoptère sans pilote qui entre en collision avec un mur. Un tel scénario est pertinent pour les UAV volant en milieu urbain à proximité de bâtiments. Afin de développer une solution de contrôle … Read more
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2017 — Electronic transport measurements in passivated ultrathin black phosphorus field-effect devicesAbstract
Bien que le phosphore noir offre une richesse de propriétés physiques remarquables à étudier, y compris sa conductivité ambipolaire, sa conductivité anisotrope et ses mobilités s'approchant de ∼1000 cm2 V−1 s −1 , l'un des problèmes auxquels sont confrontés les physiciens des dispositifs est son instabilité environnementale. Nous abordons le problème de l'instabilité en passivant la surface du phosphore noir avec un oxyde natif dense, P2O5, crû par gravure sèche par plasma d'oxygène. Nous fabriquons des transistors à effet de champ dans une géométrie à double grille à partir du phosphore noir passivé pour évaluer notre processus de passivation. Nous … Read more