La diversité insoupçonnée du monde microbien - Dauga, Catherine; Doré, Joël; Sghir, Abdelghani (M/S : médecine sciences, 2005)
Les méthodes traditionnelles d’identification bactérienne par la détermination de quelques caractéristiques phénotypiques et l’appréciation de quelques propriétés physiologiques ont montré leurs limites, en particulier pour la détection des micro-organismes non ou difficilement cultivables. Elles ont conduit à la description d’une très faible partie de la diversité bactérienne existante et à la sous-estimation même de la richesse du monde vivant qui nous entoure. En médecine, plusieurs maladies - à l’évidence infectieuses - sont restées sans étiologie jusqu’à l’avènement des méthodes moléculaires fondées sur l’analyse phylogénétique des séquences d’ARNr 16S ou de gènes de protéines. Ces méthodes permettent, aujourd’hui, une détection et une reconnaissance fiable des pathogènes difficilement cultivables et la mise en oeuvre de traitements appropriés. Le suivi des maladies infectieuses (légionelloses, choléra) dont les agents sont en état de « non-cultivabilité » dans l’environnement est également facilité. Au-delà des pathogènes, notre environnement contient des milliers de bactéries non ou difficilement cultivables, qui ont suscité le développement de nouvelles stratégies de culture et, plus récemment, de techniques dites de « méta- ou écogénomique ». Un aperçu de la diversité métabolique et du potentiel génétique tout à fait insoupçonnés de ces bactéries nous est promis dans les années à venir.